สภามหาวิทยาลัยแม่โจ้ ได้ประกาศให้สำนักบริหารและพัฒนาวิชาการจัดตั้งส่วนงานภายใน เมื่อวันที่ 8 กันยายน พ.ศ. 2552 โดยยุบรวมกองบริการการศึกษา และสำนักงานบัณฑิตศึกษาเข้าด้วยกัน ทั้งนี้เพื่อวัตถุประสงค์ในการสนับสนุนการจัดการศึกษา ในรูปแบบกลุ่มภารกิจ เดิมกองบริการการศึกษาเป็นหน่วยงานระดับกอง สังกัดสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยแม่โจ้ สำนักงานคณะกรรมการอุดมศึกษาได้รับการก่อตั้งอย่างไม่เป็นทางการ เมื่อปีการศึกษา 2518 และได้รับความเห็นชอบจาก คณะกรรมการข้าราชการพลเรื่อนในมหาวิทยาลัย (กม.) ให้เป็นหน่วยงานระดับกลาง เมื่อปีการศึกษา 2525 ปัจจุบันสำนักบริหารและพัฒนาวิชาการ ตั้งอยู่ที่อาคารอำนวยยศสุข ชั้น 3